Le virus SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2) frappant actuellement l’humanité la plonge dans un climat anxiogène, de par ses nombreuses victimes et les initiatives de confinement dont il est à l’origine. A juste titre, les scientifiques cherchent alors les causes de l’apparition de ce virus. Cela afin de trouver des faits tangibles sur lesquels se reposer pour expliquer les évènements traumatiques que l’on traverse. Toutefois cela nécessite, dans une masse considérable d’informations que nous propose désormais internet, une solide remise en question de ce qu’on y lit. Cette opération reste cependant délicate : il est aisé de croire une information qui séduit nos croyances et neutralise notre faculté de discernement.

Dans une attitude unificatrice face à cette menace qui nous impacte tous, il faut alors s’exhorter à œuvrer ensemble à une information ne faisant pas appel au sensationnel, mais le plus possible au rationnel épistémique. Le doute méthodique est la meilleure arme de l’esprit critique. Celle-ci doit toutefois s’accompagné de curiosité et d’humilité. En effet, douter pour douter n’est en rien constructif s’il ne déclenche pas chez l’humain sceptique l’initiative de retirer ce doute.

Ne voulant pas répondre aux nombreuses rumeurs infondées spéculant sur les différentes origines potentielles de ce coronavirus, cet article n’a pas vocation à faire l’état complet des faits nous permettant d’exclure et de privilégier certaines pistes. Ces questionnements, bien que fondamentaux pour tirer expérience de cette pandémie, ont fait l’objet de nombreux articles dans la presse (France Info, Le Monde…) et les revues scientifiques (1, 2, 3, 4).

Il sera ici fait état de l’impact des activités humaines sur la probabilité d’apparition d’une pandémie semblable à celle que nous vivons actuellement. Des solutions envisageables pour restreindre cette probabilité seront également discutées. En effet aujourd’hui, le lien étroit existant entre écologie et santé n’est plus à remettre en cause : la santé de notre environnement conditionne nécessairement celle des êtres vivants qui l’habitent.

Les zoonoses

Les zoonoses représentent toutes les pathologies dont l’agent est transmissible naturellement des animaux vertébrés aux êtres humains et inversement. En 2008, une étude britannique fait le constat que 60% des maladies infectieuses apparues chez les êtres humains entre 1960 et 2004 sont d’origine zoonotique (5).

Ces zoonoses sont donc liées au développement de différentes espèces virales, bactériennes ou encore parasitaires au sein d’hôtes constituant la faune d’un milieu. C’est notamment le cas pour les chauves-souris Rhinolophus affinis, origine hypothétique du SARS-CoV-2 largement favorisée par les études génomiques dans la recherche liée à la pandémie CoViD-19. C’est en effet ce qu’attestent les analyses génomiques comparatives, établissant un taux d’identité de 96% entre le génome du SARS-CoV-2 et le virus SARSr-CoV;RaTG13 identifié dans les selles des chauves-souris de la région de Yunnan (3). Quant aux pangolins Manis javanica en provenance de Malaisie, le coronavirus par lequel ils sont infectés sont identiques à 91,02% au coronavirus SARS-CoV-2. Ces coronavirus retrouvés chez la chauve-souris et le pangolin sont respectivement le premier et le second coronavirus les plus proches génétiquement du SARS-CoV-2 (2, 4).

Impact des activités humaines sur la probabilité d’apparition des zoonoses

L’être humain bénéficie de nombreux progrès technologiques développées ces derniers siècles. De ce fait, on constate une vitesse de modification exponentielle de son environnement. E témoigne la disparition de 1,3 millions de km² de forêts entre 1990 et 2016 – soit environ la taille de l’Afrique du Sud – selon l’indicateur World Banks (6). Pour quantifier autrement ce phénomène de déforestation, une étude parue en 2015 dans la revue Nature aborde la question depuis un autre point de vue historique : elle conclut que 46% de la surface des forêts ont disparu sur Terre depuis le début des activités de déforestation de l’être humain (7).

Ce paramètre est loin d’être le seul impliqué dans la dégradation de notre environnement. Il constitue néanmoins un indicateur intéressant lorsqu’il s’agit d’étudier les relations entre l’impact des activités humaines et la probabilité d’apparition des zoonoses.

Des travaux comme ceux réalisés par Serge Morand ou encore Jean-François Guégan (8, 9) nous éclairent quant à l’enjeu que représente la protection des milieux naturels sur l’apparition et la transmission à l’humain des pathologies infectieuses telles que les zoonoses. Ils font plusieurs constats. Premièrement, Serge Morand nous explique qu’au plus il y a une grande variété d’espèces animales dans un milieu, au plus ce dernier contient une grande variété de pathogènes.

Etude Serge Morand

On retrouve une corrélation positive entre la variété des espèces animales, la taille de leur population, et l’abondance de pathogènes infectieux dans un milieu donné. Cela ne signifie par pour autant que ces derniers se transmettent à l’être humain (8).

Toutefois, lorsque cette faune et la superficie sur laquelle elle s’étend sont mises à mal (extinction des espèces et déforestation), la probabilité de contamination de l’être humain par ces pathogènes infectieux est grandement renforcée. En effet, la réduction du nombre d’espèces d’un milieu résulte en une facilitation de la transmission des pathogènes parmi les espèces restantes. Cela est du au fait que ces agents infectieux n’ont pas besoin d’adaptations génétiques supplémentaires pour se propager d’une espèce à l’autre. C’est une problématique considérable pour les milieux naturels mais également pour notre bétail, dont la variété d’espèces s’est grandement appauvrie.

Etude Serge Morand - 2

Au plus les espèces animales d’un milieu sont menacées (extinction) et au plus la surface de ce milieu diminue (déforestation), au plus la transmission des zoonoses à l’être humain résultant en l’apparition d’épidémies (outbreaks) est grande (8).

Ensuite, on apprend également par les travaux de Jean-François Guégan que l’accès d’un nombre croissant d’individus à des zones autrefois très rarement fréquentées, comme les forêts amazoniennes, asiatiques ou encore africaines augmentent les risques de transmission de zoonoses à l’être humain. Par exemple, cette étude (9) expose une corrélation positive entre la latitude et la richesse en pathogènes. Elle montre que, du fait de paramètres climatiques, au plus la latitude est faible (proche de l’équateur), au plus on observe une importante diversité de pathogènes. L’exploitation des forêts profondes expose ainsi l’humanité à un grand nombre de pathogènes, et favorise par conséquent la probabilité que l’un d’eux la contamine. Car il faut également prendre en considération le fait que la mondialisation rend plus propice la transmission du virus à un grand nombre d’individus à travers les continents. Le scénario créé par le SARS-CoV-2 que nous vivons depuis ces derniers mois semble donc d’autant plus réitérable que la dégradation de l’environnement s’accroît.

Quelles pistes privilégier pour réduire la transmission des zoonoses ?

Toutes ces données vont dans le sens de la nécessité d’adopter un comportement qui pourrait sembler a priori oxymorique : celui de l’égoïste altruiste. Il faut entendre par là que si l’humain souhaite conserver une certaine qualité de vie, il doit en être de même pour l’habitat dans lequel il évolue. En effet, ces informations mènent à la compréhension du lien toujours plus flagrant s’établissant entre la santé de l’environnement, de la biodiversité qui l’habite et des êtres humains avec lequel ils interagissent. C’est ainsi qu’on aperçoit les bienfaits que pourrait engendrer la mise en place d’une politique de santé tournée davantage vers la préservation des écosystèmes et donc la prévention de l’apparition des pathologies, plutôt qu’uniquement vers la réponse curative à celles-ci, dont la fréquence d’apparition ne cesse de croître du fait – notamment – d’une mauvaise gestion des espaces naturels. Pour servir ses propres desseins d’épanouissement, l’humanité a alors tout intérêt à servir celui des écosystèmes dans lesquels elle s’intègre (5).

Il n’est ici question que de l’un des aspects de l’impact des activités anthropiques sur la santé des individus, mais est-il encore nécessaire de rappeler les autres nombreuses raisons pour lesquelles les écosystèmes doivent faire l’objet de projet ambitieux de protection : séquestration du carbone, cycle de nombreux nutriments, réduction des épisodes de sécheresse, habitat de la faune, réduction de l’érosion… Le rapport de l’OMS datant de 2005 au sujet du lien entre écosystèmes et santé de l’espèce humaine (10) est une démarche synthétique enrichissante pour en connaître davantage sur ce domaine.

Bibliographie

(1) Jon Cohen. (2020). Scientists « strongly condemn » rumors and conspiracy theories about origin of coronavirus outbreak. Science. https://www.sciencemag.org/news/2020/02/scientists-strongly-condemn-rumors-and-conspiracy-theories-about-origin-coronavirus#

(2) Zhang, T., Wu, Q., & Zhang, Z. (2020). Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak. Current Biology. doi:10.1016/j.cub.2020.03.022 – https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982220303602

(3) Tang, X., Wu, C., Li, X., Song, Y., Yao, X., Wu, X., … Lu, J. (2020). On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. National Science Review. doi:10.1093/nsr/nwaa036 – https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463

(4) Andersen, K. G., Rambaut, A., Lipkin, W. I., Holmes, E. C., & Garry, R. F. (2020). The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine. doi:10.1038/s41591-020-0820-9 – https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9?fbclid=IwAR3w65RgILi01mVjIMQ2LKeZS4xUkLz5LRBinImTKRPOWSnCqIQWw_hDzR0

(5) Jones, K. E., Patel, N. G., Levy, M. A., Storeygard, A., Balk, D., Gittleman, J. L., & Daszak, P. (2008). Global trends in emerging infectious diseases. Nature, 451(7181), 990–993. doi:10.1038/nature06536 – https://www.nature.com/articles/nature06536/

(6) Tariq Khokhar & Mahyar Eshragh Tabary. (2016). Five forest figures for the International Day of Forests. WorldBankBlogs. https://blogs.worldbank.org/opendata/five-forest-figures-international-day-forests

(7) Crowther, T. W., Glick, H. B., Covey, K. R., Bettigole, C., Maynard, D. S., Thomas, S. M., … Bradford, M. A. (2015). Mapping tree density at a global scale. Nature, 525(7568), 201–205. doi:10.1038/nature14967 – https://www.nature.com/articles/nature14967

(8) Morand, S., Jittapalapong, S., Suputtamongkol, Y., Abdullah, M. T., & Huan, T. B. (2014). Infectious Diseases and Their Outbreaks in Asia-Pacific: Biodiversity and Its Regulation Loss Matter. PLoS ONE, 9(2), e90032. doi:10.1371/journal.pone.0090032 – https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0090032

(9) Vanina Guernier, Michael E. Hochberg, Jean-François Guégan. (2004). Ecology Drives the Worldwide Distribution of Human Diseases. PlosOne. https://journals.plos.org/plosbiology/article/file?type=printable&id=10.1371/journal.pbio.0020141

(10) WHO. (2005). Ecosystem And Human Well-Being : Health Synthesis. https://ohcea.org/OhceaModules/Ecosystem%20Health/Ecosystem%20Health%20Resources/Corrvalan_Ecosystem%20Health.pdf